Jabatan Pendidikan Khas IPGKDA telah ditubuhkan pada Disember 2008. Matlamat Jabatan Pendidikan Khas adalah untuk melahirkan guru yang kompeten dan berjiwa pendidik melalui program guru yang dinamik ke arah pendidikan sekolah bertaraf dunia selaras dengan misi Institut Pendidikan Guru Malaysia. Jabatan Pendidikan Khas melaksanakan dua program, iaitu Pendidikan Khas Masalah Pembelajaran dan Pendidikan Pemulihan serta mengendalikan kursus yang berkaitan dengan program tersebut. Jabatan ini juga bertanggunjawab dalam menjalankan penyelidikan dan aktiviti inovasi dalam kalangan pensyarah dan pendidik guru dengan tujuan untuk memperkembangkan dan memantapkan lagi pengetahuan dan kemahiran dalam bidang Pendidikan Khas Masalah Pembelajaran dan Pendidikan Pemulihan setanding dengan universiti awam di dalam dan luar negara.

Sehingga kini dapatan pendidikan khas mengendalikan kursus-kursus yang berkaitan dengan Pendidikan Khas dan Pendidikan Pemulihan. Program-program yang ditawarkan adalah meliputi Program Persediaan Ijazah Sarjana Muda Pendidikan (PPISMP), Program Ijazah Sarjana Muda Pendidikan (PISMP), Program Diploma Pasca Siswazah, Program Intervensi Tambah Opsyen (PITO).